干细胞的来源有很多：骨髓、骨膜、脂肪、滑膜、骨骼肌、肝、乳牙、胎盘、脐带、脐带血等。 成体干细胞：脐带/胎盘、骨髓、血液(脐血是血液干细胞的丰富来源)等； 胚胎干细胞：当受精卵分裂发育成囊胚时，内层细胞团（Inner Cell Mass）的细胞即为胚胎干细胞。 全能干细胞来源于胚胎最初形成的4天，可以分化形成构成人体的所有的组织器官细胞，并能形成一个完整的人体，胚胎干细胞是目前公认的唯一的全能干细胞。 多能干细胞自胚胎形成的第5到7天开始出现，能分化形成200多种人体组织器官细胞，但不能形成一个完整的人体。 单能干细胞只能形成一类人体组织器官细胞，如造血干细胞只能形成人体血液细胞。

从以往医学上的研究成果来看，间充质干细胞目前可以用来治疗多种难治性及疑难性的慢性疾病，包括外科和内科两大类疾病。外科主要是治疗皮肤烧伤、角膜操作、外科创面、骨折等损伤；内科主要是治疗神经系统疾病如帕金森病、多发性硬化、脑血管意外后遗症等，以及免疫性疾病和结缔性组织病，如红斑狼疮、类风湿关节炎、多发性肌炎、皮肌炎、干燥综合症、自身免疫性肝病、强直性脊柱炎等。间充质干细胞还可以治疗一些其他疾病，如慢性肝病、慢性肺病（肺间质病变）、炎症性肠炎（克隆氏病、溃疡性结肠炎）、糖尿病（相对适用症）、心肌损害、糖尿病足、骨质疏松、股骨头坏死等。 随着医学科学的不断发展，胎盘间充质干细胞能够治疗的疾病将会越来越多。未来间充质干细胞将形成产业化，不但可以治疗慢性疾病，还将实现对急性疾病的有效治疗，如急性肺出血、中风、心肌梗死等死亡率很高的疾病。